1910年南非联邦成立后，米字旗成为南非国旗，另有基于英国红船旗的旗帜做为南非的商船旗，并在非正式的场合用作国旗。
在1927年末，南非通过了新的国旗设计，并于1928年5月31日首次悬挂，俗称“橙白蓝”（Oranje, Blanje, Blou）。1982年7月1日又颁布索尔维蓝版本。国旗分为橙色、白色和蓝色的横条纹，白色条纹上有三个较小的图案。橙色、白色和蓝色取自旧时的荷兰亲王旗颜色，表明阿非利卡人对荷兰殖民历史的认同，白色条纹上的三个较小的图案从左到右分别为英国国旗、奥兰治自由邦国旗和川斯瓦共和国国旗，代表了1910年南非联邦成立时的四个省：英国国旗代表开普省与纳塔尔省（两省原先早已成为英国殖民地，故以英国国旗表示）、奥兰治自由邦国旗代表奥兰治自由邦省、川斯瓦共和国国旗代表川斯瓦省。该旗也被用于西南非洲，直到1990年独立为止。
目前的南非国旗是在1994年4月27日首次悬挂。选择新国旗是纳尔逊·曼德拉从监狱被释放在1990年的谈判过程的一部分。1993年在全国举行了一场公开的国旗草案比赛，收到了超过7,000份设计。最后，制定了六个设计，并提交给公众和谈判理事会，但没有一个引起支持。一些设计工作室提出进一步的提案，但他们又没有成功。
在1994年2月，非洲人国民大会代表西里尔·拉马福萨与国民党政府代表鲁尔夫·梅耶尔（英语：Roelf Meyer）于当月的指定日期开始商讨国旗问题的解决。最后设计在1994年3月15日通过，4月20日由国家总统德克勒克公布。
2019年，南非平等法院裁定在公众展示1994年前种族隔离时代的国旗属违法行为，因为这面旗帜象征白人优越主义[3]。